Родио се 27. октобра 1875. године у Карановцу. Шест разреда гимназије завршио је у Београду, а 1893. уписао се на Војну академију. По завршетку Академије, 1896. године, произведен је у артиљеријског потпоручника. Од1898. похађао је двогодишњу Вишу школу на Академији. Калафатовић је провео 1901. и 1902. годину у Француској, у Апликационој школи, усавршавајући се за артиљерију. По повратку у Србију, постао је артиљеријски капетан 1903. године. До 1904. године био је командир батерије у пољској артиљерији, затим је на месту помоћника начелника генералштаба Дунавске области био од 1907. до 1909. године, када прелази у иностранство, у Бугарску и Румунију, где је провео четири године као војни изасланик. Поред тога, Калафатовић је био и начелник генералштаба Тимочке дивизијске области, а од 1913. командант батаљона Седмог пешадијског пука.
Прве две године Првог светског рата провео је на месту начелника генералшатаба Друге моравске дивизије, па је тако 1915. добио чин пуковника. После рата је био војни изасланик у Паризу од 1920. до 1922.године, да би наредне две године провео на месту помоћника министра Војске и морнарице. Постао је шеф Савета земаљске одбране 1925. године. Треба поменути да је Калафатовић био учесник мировних конференцијау Букурешту (1913) и Паризу (1918), као и члан Друштва народа. У конференцији је вршио контролу трговине оружјем. За време Арнаутске побуне био је командант пешадијског пука. За војничке заслуге токомПрвогсветског рата добио је 1923. године чин, најпре, дивизијског, а затим и армијског генерала. Добитник је више домаћих и страних одликовања.
На почетку Другог светског рата, Данило Калафатовић је био командант командне позадине, а касније је постављен за начелника Врховне команде. Заробљен је и одведен у Немачку, где је остао до краја рата.Преминуо је у иностранству 1945. године.
Данило Калафатовић се бавио и писањем , те је био запажен као војни писац. Израдио је правила за брзометнуартиљерију. Написао је већи број чланака у Ратнику и Српском књижевном гласнику. Сарађивао је и писао запариске новине и часописе.
Љиљана Жарковић